El día 2 de diciembre de 1998, la UNESCO declaró a la Universidad y al recinto histórico de la Ciudad de Alcalá de Henares Patrimonio de la Humanidad.

El primero de los valores reconocidos por la UNESCO es la condición de Alcalá de Henares como primera ciudad universitaria planificada en la Edad Moderna.

El segundo valor se relaciona con el concepto de Ciudad del Saber y su repercusión cultural con la Biblia Políglota o las obras de Nebrija, además de haber sido gran ciudad en el Siglo de Oro y cuna de Cervantes.

A la consecución del título contribuyó la idea de que la Universidad de Alcalá ha sido y es una universidad difusora del conocimiento y de la lengua.

El Consejo de Gobierno de la Comunidad de Madrid ha acordado hoy declarar Bien de Interés Cultural (BIC), en la categoría de Monumento, la Manzana Fundacional Cisneriana, en Alcalá de Henares. Se trata de un sobresaliente conjunto de doce edificios vinculados a la historia de la Universidad alcalaína, que fue una de las más destacadas universidades europeas y depositaria de importantes valores históricos, arquitectónicos y artísticos.

La Universidad de Alcalá, fundada por el cardenal Cisneros en 1499, es un ejemplo único en la historia de España, pues se convirtió en modelo para otras posteriores, como las de Toledo (1520), Baeza (1538), Oñate (1542), Burgo de Osma (1550) o Almagro (1550). Además, la fórmula Colegio-Universidad como sistema organizativo pasó a otros países europeos y americanos, dando lugar a un gran número de universidades deudoras de su modelo de los siglos XVI al XIX.  

Desde un punto de vista material, el trazado de la Universidad de Alcalá en base a manzanas-islas de trazado regular constituyó un nuevo modelo de ciudad capaz de crear las condiciones adecuadas para el desarrollo intelectual. De este modo, la Universidad Cisneriana puede considerarse como el antecedente más claro de los modernos campus universitarios. Por todo ello, el Gobierno regional ha aprobado hoy su declaración como Bien de Interés Cultural (BIC). 

La protección de bienes a través de su declaración como Bien de Interés Cultural (BIC) o Bien de Interés Patrimonial (BIP) supone que cualquier actuación que se pretenda llevar a cabo sobre ellos deberá ser autorizada previamente por la Dirección General de Patrimonio Cultural del Gobierno regional, además de ajustarse a lo dispuesto en el texto de la declaración que, entre otros aspectos, regula los criterios básicos que deben respetar las intervenciones

El conjunto arquitectónico de la Manzana Fundacional Cisneriana de la Universidad de Alcalá –Patrimonio de la Humanidad desde 1998– data en su mayoría de los siglos XVI y XVII, si bien algunas edificaciones corresponden a los siglos XVIII, XIX y XX.