Los condueños, según sus Bases, tiene como órgano principal a la Junta General de Socios. Luego, la Comisión Administrativa se hace cargo de ejecutar los mandatos de la Junta General, y de representar a la Sociedad.
Según la Base Décima, la Comisión Administrativa se compondrá de siete socios, con un mandato de dos años tras su elección. La Comisión elige de entre sus miembros un Presidente, un Vicepresidente, un Secretario y un Tesorero.
El primer presidente de la Comisión Administrativa fue José de los Ríos.
La administración de la Sociedad ha sido confiada a una comisión administrativa, cuyo objetivo principal es garantizar la buena gestión de los inmuebles y la perpetuación de su valor histórico y cultural. Actualmente, la comisión está presidida por José Félix Huerta Velayos y cuenta con un equipo comprometido con la protección del patrimonio.
En la actualidad, la Sociedad de Condueños arrienda parte de su patrimonio a la Universidad de Alcalá a cambio de un precio simbólico, gestiona el resto de su patrimonio, y participa activamente en la vida cultural complutense.
En 2024, la Comisión Administrativa de la Sociedad de Condueños quedó constituida por:
- José Félix Huerta Velayos (presidente)
- Asela Sanz Herranz (vicepresidenta y secretaria)
- Baldomero Perdigón Melón (tesorero)
- José María San Luciano, Carlos Sánchez-Galindo López-Linares, Alberto Pérez Gómez y Tomás García Madrid (vocales).